ศูนย์วิจัยและฝึกอบรมที่สูง ก่อตั้งขึ้นในปีงบประมาณ 2544 เกิดจากการรวมตัวของ 3 หน่วยงานในคณะเกษตรศาสตร์ ซึ่งหน่วยงานดังกล่าวมีหน้าที่รับผิดชอบต่อการพัฒนาที่สูง ในภาคเหนือของประเทศไทย ได้แก่
เริ่มต้นจากโครงการ UN/Thai Drug Abuse Control Program in Thailand ภายใต้ความดูแลขององค์การสหประชาชาติและ สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด (ปปส.) จัดตั้งเป็นสถานีวิจัยและศูนย์ฝึกอบรมเกษตรที่สูงขุนช่างเคี่ยน ภายใต้การดูแลของคณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มีหน้าที่ศึกษาวิจัยพืชเศรษฐกิจเพื่อนำมาทดแทนฝิ่น
มีพัฒนาการมาจาก โครงการปลูกพืชทดแทนฝิ่นและพัฒนาชุมชน ภายใต้ความร่วมมือของโครงการกำจัดพืชเสพติดของสหประชาชาติซึ่งตั้งขึ้นเพื่อแก้ไขปัญหา การปลูกพืชเสพติดของชาวไทยภูเขา จัดตั้งขึ้นเป็น "โครงการศูนย์วิจัยและพัฒนากาแฟบนที่สูง" ในปี 2525 โดยความร่วมมือจากรัฐบาลประเทศเนเธอร์แลนด์ รัฐบาลไทยโดยสำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด กรมวิเทศสหการ และมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเป็นแหล่งข้อมูลศึกษาวิจัยเกี่ยวกับการปลูกและ ผลิตกาแฟอาราบิก้าบนที่สูง ทำหน้าที่ประสานงานระหว่างหน่วยงานบนที่สูงต่างๆ ในการส่งเสริมการปลูกกาแฟอาราบิก้าในเขตภาคเหนือตอนบน ตลอดจนประสานงานด้านการตลาดกาแฟอาราบิก้า เพื่อการพัฒนาที่ยั่งยืนของเศรษฐกิจและสังคมเกษตรกรบนที่สูง จากผลการดำเนินงานที่ประสบความสำเร็จของโครงการฯ ทำให้ได้รับการขยายระยะเวลาการดำเนินการทั้งสิ้น 3 ครั้ง จนในปี พ.ศ. 2535 การสนับสนุนจากแหล่งทุนภายนอกจึงสิ้นสุดลง และรัฐบาลไทยได้ให้การสนับสนุนการดำเนินการของศูนย์อย่างสมบูรณ์
สำนักงานคณะกรรมการป้องกันและปราบปรามยาเสพติด กรมวิเทศสหการ และหน่วยควบคุมยาเสพติดของสถานฑูตของสหรัฐอเมริกา ได้ร่วมมือกันมอบหมายให้ คณะเกษตรศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่ จัดทำหลักสูตรพัฒนาวิชาการและความรู้ให้กับเกษตรกรชาวเขาและเจ้าหน้าที่ส่งเสริมการเกษตรบนที่สูง โดยการจัดการฝึกอบรมและเผยแพร่ข่าวสาร การออกหน่วยฝึกอบรมเคลื่อนที่ และการให้การศึกษาระดับปริญญาตรีให้แก่เจ้าหน้าที่ส่งเสริมการเกษตรที่สูงตั้งแต่เดือนธันวาคม 2525 เป็นต้นมา หลังจากนั้นได้มีการปรับปรุงหลักสูตรเพิ่มเติม และมีการขยายระยะเวลาการดำเนินงานของโครงการถึง 2 ระยะ ได้แก่ในปี พ.ศ.2529-2534 และ พ.ศ. 2535-2541 และ พ.ศ. 2542-2545 โดยมีการปรับเปลี่ยนหลักสูตรให้เหมาะสมกับสภาวะที่เปลี่ยนไป เพื่อให้เกิดการพัฒนาความรู้ได้อย่างดียิ่ง
